Restaurarea ecologică în Delta Dunării reprezintă o metodă de dezvoltare sustenabilă a naturii și a comunităților locale, pe termen mediu și lung. Din 1994 și până în prezent, urmare a aderării României la Convenția de la Ramsar – convenție internațională dedicată protecției zonelor umede, în Rezervația Biosferei Delta Dunării au fost implementate următoarele tipuri de proiecte de reconstrucţie ecologică a zonelor umede modificate antropic (îndiguite şi desecate): restaurarea incintelor degradate, îmbunătăţirea circulaţiei apei / conectivităţii.

Programul de reconstrucţie ecologică în Rezervaţia Biosferei Delta Dunării a fost implementat de Institutul Naţional de Cercetare Dezvoltare Delta Dunării şi Administraţia Rezervaţiei Biosferei Delta Dunării în colaborare cu:

• WWF Auen Institut, Rastatt – Germania, pentru incintele agricole Babina (2100 ha) şi Cernovca (1580 ha), incinta silvică Furtuna Est-vest (2 115 ha) şi amenajarea piscicolă Popina II (3600 ha);
• Directoratul General pentru Lucrări Publice şi Managementul Apelor, Flevoland – Olanda, pentru polderele piscicole Popina II şi Holbina I / II (4370 ha) şi Dunavăţ II (1260 ha).

Ȋmbunătăţirea circulaţiei apei / conectivităţii a constat în decolmatarea de canale secundare şi pescăreşti.  Din perioada 1994 și până în prezent s-a executat acest tip de lucrări în toate complexele acvatice ale Deltei Dunării pe o lungime de 494 km, din totalul de 1837 km.

Prin implementarea soluţiilor tehnice /măsurilor optime de refacere a funcţiilor ecologice, proiectele răspund obiectivelor de fundamentare privind îmbunătăţirea şi /sau menţinerea stării favorabile de conservare a habitatelor de importanţă comunitară ce adăpostesc specii sălbatice de importanţă comunitară şi naţională prevăzute în OUG 57/2007, pentru care Delta Dunării a fost declarată atât sit SPA cât şi SCI, şi anume: siturilor Natura 2000: ROSPA0031 Delta Dunării şi  Complexul Razim-Sinoie, ROSPA0076 Marea Neagră, ROSCI0065 Delta Dunării, ROSCI0066 Delta Dunării- zona Marină.

În cadrul departamentului o altă categorie de proiecte care se implementează este cea privind redresarea și repopularea speciilor. Redresarea și repopularea speciilor are loc pentru speciile de sturioni și șalău.